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基于纳米孔测序测定的神经元突变体筛查

原创版权 关键字:基于纳米孔测序测定的神经元突变体筛查,第三方检测机构,中析研究所 相关: 发布时间: 2025-07-30 17:15:20

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因业务调整,暂不接受个人委托测试,望谅解(高校、研究所等性质的个人除外).

检测项目

基因组变异检测:

  • 单核苷酸变异筛查:等位基因频率(VAF≥0.01)、致病性评级(参照ClinVarDB)
  • 结构变异分析:缺失/重复长度(50bp-100kb)、断点定位精度(±5bp)
  • 拷贝数变异:log2比值(阈值±0.5)、杂合性缺失(LOH)区域
表观遗传分析:
  • DNA甲基化检测:CpG位点覆盖率(≥95%)、甲基化水平(β值0-1)
  • 染色质可及性:核小体占位评分(NPS≤0.8)
转录组解析:
  • 基因表达定量:TPM值(阈值≥1)、差异表达倍数(|log2FC|≥2)
  • 融合基因检测:支持读数≥5、断裂点可信度(Phred≥30)
序列质量评估:
  • 原始数据质控:Q30百分比(≥85%)、平均读长(≥10kb)
  • 比对效率:基因组映射率(≥90%)、重复序列率(≤35%)
病原微生物筛查:
  • 病毒整合检测:宿主-病原连接读数(≥3)、整合位点置信度
  • 细菌污染监控:16SrRNA检出限(0.1%)
线粒体突变谱:
  • 异质性定量:mtDNA变异频率(0.5%-95%)
  • 缺失突变:mtDNA缺失占比(≥5%)
神经退行相关变异:
  • APP基因剪切异常:外显子跳跃频率(参照GRCh38)
  • 重复扩增检测:CAG重复次数(≥40次)
单细胞多组学整合:
  • 甲基化-表达关联:相关系数(|r|≥0.7)
  • 空间转录组定位:细胞空间分辨率(5μm)
动态突变监测:
  • 扩增子重测序:等位基因稳定性(世代漂移≤5%)
  • 时间序列分析:变异累积速率(mut/Mb/year)
数据可信度验证:
  • 变异位点复核:PCR-Sanger符合率(≥99%)
  • 技术重复一致性:皮尔逊相关性(R²≥0.98)

检测范围

1.人源神经元细胞:涵盖iPSC诱导神经元及原代皮层神经元,重点检测阿尔茨海默症相关早老素突变

2.脑组织切片样本:冷冻/FFPE处理的额叶皮层组织,侧重空间异质性突变定位分析

3.脑脊液游离DNA:采集量≥2mL,检测循环肿瘤DNA低频突变(VAF≥0.1%)

4.单细胞核悬液:10xGenomics平台制备,聚焦神经元亚型特异性变异

5.线粒体分离样本:超速离心纯化mtDNA,检测Leber遗传性视神经病变相关突变

6.神经干细胞培养物:类脑器官分化体系,监测发育过程中denovo变异

7.突触体分离组分:超速梯度分级提取,分析突触相关蛋白编码基因变异

8.外泌体RNA样本:血清来源外泌体,检测神经退行性疾病miRNA标志物

9.转基因动物脑组织:阿尔茨海默症模型小鼠,验证APP转基因表达稳定性

10.古神经组织样本:千年以上考古样本,侧重DNA损伤模式修复分析

检测方法

国际标准:

  • ISO/IEC23894:2023生物技术-纳米孔测序数据分析流程
  • ENISO20395:2019核酸检测用测序仪性能评估
  • CLSIMM19-A2体细胞变异检测指南
  • FDA-NGS指南(2018)肿瘤突变负荷计算方法
  • MINSEQE(v1.0)表观基因组测序数据标准
国家标准:
  • GB/T37872-2019高通量测序数据质量评价
  • YY/T1596-2017人表皮生长因子受体基因突变检测
  • GB/T34796-2017核酸浓度测定方法
  • WS/T503-2017临床基因检测样本采集规范
  • GB/T30989-2014高通量基因测序技术通则
(方法差异说明:国际标准侧重变异解读框架,国标强调样本前处理规范;ISO23894要求原始信号降噪算法,GB/T37872限定比对软件参数)

检测设备

1.纳米孔测序仪:OxfordNanoporePromethIONP48(通量7.6Tb/run,流速400bps)

2.单细胞分离系统:BDRhapsody™HT(捕获效率≥65%,通量20000细胞/run)

3.超微量核酸检测仪:Qubit4.0Fluorometer(检测范围0.05-1000ng)

4.长片段DNA提取仪:SageHLSHV(片段保持≥150kb,得率≥80%)

5.全自动文库构建仪:BeckmanBiomeki7(建库偏差≤5%,通量96样本/批)

6.高分辨率电泳仪:Agilent4200TapeStation(DNA完整性DIN值≥7.0)

7.低温高速离心机:Eppendorf5920R(最大rcf30000×g,温控±1℃)

8.超低温生物样本库:ThermoScientificTSX700(-150℃存储,温度波动±3℃)

9.激光共聚焦显微系统:LeicaSTELLARIS8(空间分辨率120nm)

10.高性能计算集群:DellPowerEdgeR760(CPU核心数1024,内存8TB)

11.自动化液体处理平台:HamiltonMicrolabSTAR(移液精度CV≤1%)

12.实时荧光定量PCR仪:RocheLightCycler480II(灵敏度0.001ng/μl)

13.电旋转芯片系统:NanocellectWOLFG2(分选纯度≥98%)

14.空间转录组分析仪:10xGenomicsVisiumHD(分辨率2μm)

15.三代测序校准平台:PacBioSequelIIe(一致性准确度≥99.9%)

北京中科光析科学技术研究所【简称:中析研究所】

报告:可出具第三方检测报告(电子版/纸质版)。

检测周期:7~15工作日,可加急。

资质:旗下实验室可出具CMA/CNAS资质报告。

标准测试:严格按国标/行标/企标/国际标准检测。

非标测试:支持定制化试验方案。

售后:报告终身可查,工程师1v1服务。

本文链接:https://www.yjser.com/huanjingjiance/24059.html

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