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菌株原始种子转录组测试

原创版权 关键字:菌株原始种子转录组测试测试标准,菌株原始种子转录组测试项目报价,菌株原始种子转录组测试测试仪器 相关: 发布时间: 2025-07-14 14:01:38

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因业务调整,暂不接受个人委托测试,望谅解(高校、研究所等性质的个人除外).

检测项目

RNA质量检测:

  • RNA纯度:OD260/280比值(1.8-2.0)、OD260/230比值(>1.8)
  • RNA完整性:RIN值(≥7)、28S/18SrRNA比值(≥1.5)
测序质量控制:
  • 序列质量:Q30百分比(≥85%)、错误率(<0.1%)
  • 序列比对:参考基因组比对率(≥95%)、唯一比对率(≥70%)
基因表达定量:
  • 表达水平:FPKM值(≥1)、TPM值(≥1)
  • 参数范围:表达变异系数(CV≤10%)
差异表达分析:
  • 差异基因:log2倍数变化(|log2FC|≥1)、调整p值(adj-p<0.05)
  • 阈值标准:差异基因数量(≥10个)
功能富集分析:
  • GO富集:富集p值(p<0.05)、FDR值(<0.1)
  • KEGG通路:通路富集度(≥1.5倍)
变异检测:
  • SNP检测:频率(<0.1%)、质量得分(≥20)
  • Indel检测:长度变异(1-50bp)、覆盖深度(≥30x)
转录本组装:
  • 新转录本:数量(≥1)、支持读段(≥10)
  • 组装质量:N50长度(≥1000bp)
样品一致性检验:
  • 批次效应:PCA分析主成分贡献(PC1≤20%)
  • 重复性:相关系数(r≥0.9)
验证分析:
  • RT-qPCR验证:表达相关性(R²≥0.8)、Ct值偏差(<1个循环)
  • 灵敏度:检测限(≥1copy/μL)
标准化处理:
  • 数据归一化:TMM方法(偏差系数≤0.1)
  • 批次校正:ComBat算法(残差方差<0.05)

检测范围

1.细菌菌株原始种子:涵盖大肠杆菌、枯草芽孢杆菌等革兰氏阳性与阴性菌,重点检测抗生素抗性基因表达与生长相关通路稳定性。

2.酵母菌株原始种子:如酿酒酵母、毕赤酵母,侧重发酵过程中糖代谢基因表达分析与乙醇耐受性评估。

3.真菌菌株原始种子:包括曲霉、青霉等丝状真菌,核心检测次级代谢产物合成基因表达与产孢调控机制。

4.放线菌菌株原始种子:如链霉菌、诺卡氏菌,重点验证抗生素合成基因簇表达水平与启动子活性。

5.工业发酵菌株种子:乳酸杆菌、醋酸杆菌等,检测乳酸或醋酸产量相关基因表达优化与批次间一致性。

6.药用菌株原始种子:青霉素产生菌、红霉素产生菌,侧重药物前体基因表达稳定性与突变监测。

7.环境分离菌株种子:土壤或水体来源微生物,核心检测环境胁迫响应基因表达与降解能力评估。

8.基因工程菌株原始种子:重组大肠杆菌、酵母表达系统,重点验证外源基因插入位点转录活性与沉默效应。

9.微生物保存菌种复苏样品:冻干或液氮保存复苏批次,检测复苏后RNA完整性衰减与表达恢复率。

10.高密度培养种子批次:生物反应器培养初始种子,侧重溶氧与pH胁迫下全局转录响应分析。

检测方法

国际标准:

  • ISO20395:2019生物技术-RNA测序质量控制要求
  • EN16602-70-05空间应用-微生物转录组分析规范
  • ASTME3135-18高通量测序数据验证方法
国家标准:
  • GB/T37871-2019微生物转录组测序通用方法
  • GB/T35538-2017RNA提取与保存技术规范
  • GB/T40365-2021基因表达定量分析指南
(方法差异说明:例如ISO标准要求测序深度≥30x,而GB标准最低为20x;ASTM标准强调变异检测灵敏度,GB标准侧重表达定量重复性)

检测设备

1.高通量测序仪:IlluminaNovaSeq6000(通量最高6Tb/run,读长2x150bp)

2.生物分析仪:Agilent2100Bioanalyzer(RNA检测范围5-5000ng/μL,分辨率±5%)

3.实时荧光定量PCR仪:Bio-RadCFX96Touch(检测通道6个,温控精度±0.1°C)

4.微量分光光度计:ThermoNanoDropOne(吸光度范围0.02-300A,波长260/280nm)

5.离心机:Eppendorf5430R(转速最高15000rpm,温度范围-10°C至40°C)

6.核酸提取工作站:QiagenQIAcube(样品通量96孔,提取效率≥95%)

7.超低温冰箱:ThermoScientificTSX(温度-80°C,容量700L)

8.生物安全柜:EscoAirstream(风速0.3-0.5m/s,HEPA过滤效率99.99%)

9.恒温培养箱:MemmertINCO(温度范围5°C至60°C,稳定性±0.1°C)

10.电泳系统:Bio-RadMini-PROTEAN(电压范围10-300V,凝胶尺寸8x10cm)

11.冷冻干燥机:LabconcoFreeZone(真空度<0.1mbar,温度-50°C)

12.振荡培养箱:INFORSHTMultitron(转速50-300rpm,CO2控制0-20%)

13.显微镜:OlympusBX53(放大倍数40-1000x,分辨率0.2μm)

14.液氮罐:Taylor-WhartonCX100(容量100L,蒸发率<0.1L/day)

15.数据存储服务器:DellPowerEdgeR750(存储容量100TB,处理器核心64个)

北京中科光析科学技术研究所【简称:中析研究所】

报告:可出具第三方检测报告(电子版/纸质版)。

检测周期:7~15工作日,可加急。

资质:旗下实验室可出具CMA/CNAS资质报告。

标准测试:严格按国标/行标/企标/国际标准检测。

非标测试:支持定制化试验方案。

售后:报告终身可查,工程师1v1服务。

本文链接:https://www.yjser.com/huanjingjiance/22791.html

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