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DNA-protein相互作用分析

原创版权 0 关键字:DNA-protein相互作用分析,第三方检测机构,中析研究所 相关: 发布时间: 2025-09-04 10:03:17

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因业务调整,暂不接受个人委托测试,望谅解(高校、研究所等性质的个人除外).

检测项目

结合亲和力检测:

  • 平衡解离常数测定:Kd值(参照标准ISO10993-22:2017)、结合自由能(ΔG)
  • 饱和结合分析:最大结合容量(Bmax)、希尔系数(nH)
动力学参数测定:
  • 结合速率常数:kon值(单位M⁻¹s⁻¹)、解离速率常数:koff值(单位s⁻¹)
  • 半衰期计算:t₁/₂≥0.1s
特异性分析:
  • 序列特异性验证:保守序列匹配度≥95%、交叉反应性率≤5%
  • 竞争结合实验:IC50值、选择性指数(SI≥10)
结构域映射:
  • DNA结合位点识别:碱基接触点数量、氢键数量≥2
  • 蛋白结构域分析:α-螺旋含量、β-折叠比例
功能活性验证:
  • 转录激活效率:荧光强度比值≥2.0、抑制率计算
  • 酶活性检测:催化速率(kcat)、米氏常数(Km)
热力学参数测定:
  • 焓变分析:ΔH值(单位kJ/mol)、熵变分析:ΔS值
  • 温度依赖性研究:Q10系数、活化能(Ea)
化学计量分析:
  • 结合比率测定:蛋白:DNA摩尔比(1:1至4:1)、寡聚化状态
  • stoichiometry验证:化学计量常数(Sc≥0.9)
环境依赖性研究:
  • pH依赖性检测:最适pH范围6.0-8.0、稳定性指数
  • 离子强度影响:NaCl浓度0-500mM、Mg²⁺浓度效应
突变影响分析:
  • 点突变效应:结合亲和力变化率≤20%、功能丧失阈值
  • 缺失突变验证:结构域完整性、活性保留率≥80%
复合物稳定性检测:
  • 热稳定性测定:Tm值(单位°C)、变性曲线斜率
  • 时间稳定性:半衰期≥24h、降解率≤5%/day

检测范围

1.转录因子-DNA复合物:涵盖bZIP、HLH等家族,重点检测结合位点识别、亲和力变化及调控功能验证

2.核小体组装体:组蛋白H3/H4与DNA相互作用,侧重检测nucleosomepositioning和稳定性参数

3.DNA修复蛋白复合物:如XRCC1、PARP1与损伤DNA结合,检测结合特异性、修复效率及动力学

4.酶-DNA相互作用:包括限制性内切酶、聚合酶,重点检测催化活性、processivity和错误率

5.病毒蛋白-DNA识别:如HIVintegrase、HPVE2蛋白,侧重检测integrationspecificity和抗病毒药物靶点

6.抗生素-DNA结合:如放线菌素D、喹诺酮类,检测intercalation强度、抑制细菌生长机制

7.染色质重塑复合物:SWI/SNF家族与DNA作用,重点检测ATP依赖性滑动、结构变化

8.DNA甲基转移酶复合物:DNMT1、DNMT3a与CpG岛结合,检测methylation效率、序列偏好性

9.锌指蛋白-DNA结合:Zif268等设计蛋白,侧重检测modularity、特异性工程化验证

10.CRISPR-Cas系统:Cas9-sgRNA与靶DNA结合,检测off-target效应、cleavage效率及PAM识别

检测方法

国际标准:

  • ISO10993-22:2017生物分子相互作用试验方法
  • ISO20186-1:2019分子结合动力学分析规程
  • ASTME2554-18表面等离子体共振检测标准
国家标准:
  • GB/T16886.22-2022医疗器械生物学评价-分子相互作用试验
  • GB/T37864-2019生物芯片检测DNA-protein结合方法
  • GB/T39245-2020核酸蛋白复合物分析技术规范
方法差异说明:国际标准ISO侧重SPR技术,要求流速控制1-100μL/min,而国家标准GB/T16886.22强调荧光偏振法,检测限需达0.1nM;ASTME2554-18规定温度范围20-37°C,GB/T39245-2020允许15-40°C扩展范围。

检测设备

1.表面等离子体共振仪:BiacoreT200(检测范围0.1-1000RU,流速1-100μL/min)

2.荧光偏振光谱仪:HitachiF-7000(波长范围200-900nm,分辨率0.1nm)

3.等温滴定calorimeter:MicroCalPEAQ-ITC(温度范围2-80°C,灵敏度0.1μcal/s)

4.圆二色谱仪:JascoJ-1500(波长范围190-250nm,扫描速度50-500nm/min)

5.凝胶移位分析系统:Bio-RadChemiDocMP(检测限0.1ngDNA,成像分辨率4.2MP)

6.超灵敏荧光显微镜:NikonTi2-E(magnification100x,NA1.49,EMCCD相机)

7.质谱仪:ThermoQExactiveHF-X(质量精度<1ppm,分辨率240,000)

8.动态光散射仪:MalvernZetasizerNanoZS(尺寸范围0.3nm-10μm,温度控制±0.1°C)

9.微量热泳动仪:MonolithNT.115(检测范围pM-mM,样品体积4μL)

10.原子力显微镜:BrukerDimensionIcon(分辨率原子级,扫描范围90μm)

11.紫外-可见分光光度计:AgilentCary60(波长范围190-1100nm,带宽0.5nm)

12.电泳迁移率变动分析系统:InvitrogenE-GelPowerSnap(电压范围0-300V,运行时间1-60min)

13.高通量筛选系统:PerkinElmerEnVision(读板速度1s/well,检测模式fluorescence/luminescence)

14.核磁共振谱仪:BrukerAvanceNEO(频率600MHz,探头类型cryo-probe)

15.微流控芯片系统:FluidigmC1(单细胞分析,集成96samples)

北京中科光析科学技术研究所【简称:中析研究所】

报告:可出具第三方检测报告(电子版/纸质版)。

检测周期:7~15工作日,可加急。

资质:旗下实验室可出具CMA/CNAS资质报告。

标准测试:严格按国标/行标/企标/国际标准检测。

非标测试:支持定制化试验方案。

售后:报告终身可查,工程师1v1服务。

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